2013年3月31日，中华人民共和国卫生与计划生育委员会报告了3例实验室确诊的人感染禽流感病毒（H7N9）病例。上海两例，安徽1例。其中最早报道的一例病人为87岁的上海男性，他于当年2月19日出现严重的流感症状。第2、3例出现同样病情的病人发病时间分别为2月27日和3月15日。至5月31日，在短短的两个月内，H7N9感染病人达到133例，其中死亡病例38例。除最早报告疫情的上海和安徽，疫区进一步扩张到包括山东，浙江，河南，湖南，福建，江西，江苏7个省和北京市，此外，中国台湾地区也报道了1例，该例患者发病前有在江苏的旅行史。

2013年的夏季，报告感染人数显著减少，7、8两月共报告病例2例。2013年10月，第2波疫情暴发，本波疫情一直持续到2014年的6月，截止2014年6月27日，共有450例实验室确认人感染禽流感（H7N9）病毒，死亡病例165例（因此在第二波流行期间，发病数和病死数分别为317和127人）。其中435例由中华人民共和国卫生和计划生育委员会报告，4例由台湾疾病预防控制中心（台北中心）报告，10例由中华人民共和国香港特别行政区健康保护中心报告，另有1例中国游客旅行马来西亚由马国报道。总的来说，大多数病例发生于中老年人，儿童和青少年相对较少。年龄中位数为58岁（第一波为62岁；第二波为57岁）。男性易感性显著高于女性。尽管当时尚有部分病人仍处于紧急救治中，但两轮流行的病死率大致均在36%左右。在两波流行中，报告病人多以重症形式出现，仅在第二波流行期间有一轻症儿童例外。

2014年6月28～2014年10月2日，疫情进入低发的夏季，共有3例死亡病例报告，这3例病人1例来自湖南省，另外两例报告来自新疆维吾尔族自治区，这是本病新增的一个疫区省份，且与若干周边国家相邻。

按照流感的冬季易发的流行病学特性，第3波H7N9的流行极有可能在2014年的冬季和2015年的春季再次出现，事实也正是如此，进入2015年以来，H7N9的新发病例不断在福建、上海和广东等省市报告。

复旦大学公共卫生安全实验室分析认为2013年的病人病例所感染的H7N9病毒的血凝素蛋白H7不同于现有的其他H7亚型流感病毒，可能有相对独立的进化史；而其内部的基因节段则来源近年来持续在东亚流行的禽流感病毒H9N2；神经酰氨酶NA则来源于近年来在东亚如韩国、中国的H11N9亚型流感病毒。

H6N1禽流感病毒常见于野鸟或家禽的感染，但这种病毒之前并无人间感染的报道。2013年5月20日，中国台湾报道了第1例人类感染H6N1禽流感，病人已康复出院。对本例感染的H6N1病毒A/Taiwan/2/2013(H6N1)进行系统发育分析，发现病毒的8个基因节段均为表现出明显的地理聚类特征，均来源于台湾本岛。从分离时间的先后顺序来看， A/chicken/Taiwan/A2837/2013可能是其祖株并为其提供血凝素基因H6，也有认为A/chicken/Taiwan/ch1006/04(H6N1)为其提供了H6血凝素基因的，此外，A/chicken/Taiwan/0101/2012(H5N2)（提供PB2和PA基因），A/chicken/Taiwan/A1997/2012(H5N2)（提供M基因），A/chicken/Taiwan/TC135/2010(H6N1)（提供PB1、NP、NA，和NS基因）。

2013年11月30日，江西省一位73岁的女性患者因持续发热被送入南昌大学附属第一医院，9天后，她因多器官衰竭病死，7天后，一种新的重配流感病毒H10N8从她的气道样本中分离出来，这是全球第一例该亚型流感病毒造成的人间感染病例。2014年2月，另一例同亚型禽流感病毒感染的死亡病例在江西省再次由南昌大学第一附属医院报道。

基因组的测序分析显示，中国大陆流行的H7N9和H10N8禽流感病毒有着共起源关系，病毒的内部6个基因节段均来自于H9N2（见图1），而H9N2则是华东、华南家禽和野鸟中习见的一类禽流感病毒亚型。http://expres.umin.jp/mric/mric_vol.025.pdf

2014年4月，在四川省一例死于严重肺炎的病人的呼吸道标本中检出禽流感病毒H5N6，据信接触受感染的家禽是感染的可能来源。2014年12月，广东省一名58岁男子出现重症流感样疾病，他在12月4日发病，12月9日因病情危重送医病毒，至2015年1月15日，仍处于危重状态。患者有接触活禽史。上述两例人间H5N6病例似乎都是孤立事件。但是考虑到最近几个月，世界动物卫生组织在中国、老挝与越南均报道了家禽高致病性禽流感H5N6暴发和死亡事件，由该亚型禽流感引起的高致病性禽流感疫情似乎在家禽中已经普遍。

H5N1在全球散发或者局地的暴发事件层出不穷，因此人间偶然的溢出感染并不意外，尤其对于那些家禽养殖厂和家庭主妇，这种风险更高，所幸的是，近年来H5N1对人群的易感性并没有显著增加。2013年，中国大陆共报道了两例人间H5N1病例，两例患者均死亡；2014年，再次报道了两例人间病例，病人均康复。

2013～2014年，中国大陆报告或检出的流感与禽流感病毒还有H9N2、H7N2、H7N3、H5N2、H3N8、H3N2、H1N2和H1N1，尤以中国南方地区为甚。